研究发现，健康人群和肥胖人群或2型糖尿病患者之间肠道菌群的结构存在显著不同，肠道菌群在肥胖及其相关性疾病的发生中发挥重要作用。另外分组对照实验显示，糖尿病人的肠道内确实存在两种特有的微生物。
肠道菌群影响肥胖及其相关疾病
一些关于肠道菌群组成和肥胖关系的研究证实。肠道菌群通过其结构组分或代谢产物（LPS），决定代谢性内毒素血症，引发慢性炎症，影响脂肪代谢和激素分泌，并引起胰岛素敏感性改变导致胰岛素抵抗，另外肠道菌群还使宿主的肝脏甘油三酯增加从而导致脂肪肝的发生。
调整生活方式可干预肠道菌群
高脂饮食可减少肠道有益菌（双歧杆菌和产丁酸菌）的数量，升高LPS水平。低脂饮食可增加肠道内有益菌的数量并促进棕色脂肪组织分化，增加脂肪酸的β氧化，抵抗饮食诱导的肥胖。
益
生元改善肠道菌群结构减轻胰岛素抵抗益生元是不消化的碳水化合物，能通过选择性刺激某些细菌（如双歧杆菌盒乳酸杆菌属）的生长和活性影响宿主健康。研究已经证实，益生元能够通过增加肠激素的释放和改善肠道屏障功能，减轻与肥胖有关的炎症和胰岛素抵抗。所以糖尿病人可以通过调整生活方式和饮食习惯从而改善肠道菌群环境进而达到控制血糖延缓并发症的效果。
