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不同的内分泌治疗方法会有不同的副作用，但通常来讲，内分泌治疗的副作用比化疗和放疗要少的多，也轻的多。
内分泌治疗可以封闭雌激素，因此它会造成类似于绝经期的一些症状，例如：潮热、月经周期改变、阴道干燥等。另外，内分泌治疗还可以影响骨质的钙代谢，肝脏的脂肪代谢等。
具体的副作用如下：
三苯氧胺可能会造成：
l 潮热
l 阴道干燥
l 月经周期改变
l 恶心
l 白内障
l 子宫内膜增厚并子宫内膜癌的发生率升高
l 血栓
芳香化酶抑制剂（包括来曲唑、阿那曲唑、依西美坦等）可能造成：
l 潮热
l 恶心
l 便秘
l 腹泻
l 胃痛
l 头痛
l 背痛
l 肌肉和关节痛
和三苯氧胺相比，芳香化酶抑制剂造成的潮热症状更轻而且不增加子宫内膜癌发生的几率，血栓发生率也较低。但芳香化酶抑制剂造成骨质脱钙更为严重。
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