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药物使用后，其疗效的发挥情况，除了与辨证的准确与否、患者的情况等有关外，还与药材本身的诸多因素有关：
1.药材品种中药计数的传统单位称"味"，目前一味中药的来源既有只涉及一个品种的，也有包括多个品种的。一味中药如只来源于一个品种，则不存在品种优劣问题。一味中药如来源于同一科的多个品种，则各品种之间有优劣差异，如麻黄来源于麻黄科植物木贼麻黄、草麻黄和中麻黄三个品种，三者之间生物碱的含量以木贼麻黄最高，草麻黄次之，中麻黄最低，疗效存在差异。一味中药如来源于不同科的多个品种，则差异更大，仅《全国中草药汇编》记载的贯众，就有 30个品种，分别属于 6 个科。
2.药材的产地
天然药材的分布和生产，离不开一定的自然条件，同一品种由于自然条件的不同，其功效也有很大差异，《千金翼方》记载有全国 13道，133 州，分别所产药材 519 种，如河南道陕州柏子仁，河东道潞州人参，河北道怀州牛膝，淮南道扬州蛇床子等等。
现代研究也证实上述认识，如葛根中总黄酮的含量，产于吉林的葛根中高达 12%，而产于贵州的仅为 1.77%；西藏产的大黄，其鞣质的含量远较其他地区的高；欧乌头生长在寒冷气候条件下无毒，而生长在温暖气候条件下的地中海地区就变为有毒了等等。
随着药材消费量的日益增长，有的道地药材已无法满足临床的需要，因此，在积极扩大道地药材生产的同时，进行药材的异地引种和药用动物的人工驯养，值得重视的是引种和驯养都必须保证原药材的性能和疗效，在以往的实践中，既有大量成功的经验，也有一些失败的教训，如越南产的肉桂，挥发油含量达 6.4%，而国内引种的越南肉桂，其挥发油含量最高只有 2.3%。
3.药材的采收动、植物在其生长过程的不同阶段，其药用部位各种成分的积累会有不同，因而药性的强弱、疗效的高低及毒性的大小也会有明显差异，动、植物药材的采集，既存在特殊性，也有一定的规律可循。如对根和根茎类药材，古人经验以阴历二、八月采收为佳，认为初春"津液始萌，未充枝叶，势力淳浓"，"至秋枝叶干枯，津液归流于下"，并指出"春宁宜早，秋宁宜晚"。
现代研究也发现，人参总皂甙的含量，以采收 4～5 年的最高；丹参的有效成分在 7 月采收最高；黄连中小檗碱在生长年限为 6 年的含量最高，甚至一年之中，又存在差异，以 7 月份的含量最高。
4.药材的贮存大多数中药材，特别是含有挥发油、生物碱及色素等药物，在贮存过程中由于鼠耗、虫蛀、霉变、变色、走油等因素，很容易发生有效成分的耗损或药材的变质，不仅中药的疗效难于保证，还可能对患者造成伤害。
少数药材，如半夏、橘皮、吴茱萸、艾叶、枳实等则宜陈用，半夏的生品未见有祛痰作用，但放置一年后却有明显的祛痰作用；橘皮的有效成分是高沸点的挥发油和陈皮苷，久存后非有效成分的低沸点挥发油散失后，等量的药材中，其有效成分的含量会相对增加，疗效也相应增强。
此外，人参及一些动物类药材与花椒、细辛一起共同存放，则不易发生虫蛀；牡丹皮与泽泻共同存放，牡丹皮不易变色，泽泻不易虫蛀。
5.药材的炮制炮制是中药材在制剂前的加工处理的通称，合理的炮制可以提高临床疗效，反之，又会降低临床用药的疗效与安全。
炮制提高临床疗效：如大多数的矿物药经煅烧后，质地疏松，便于粉碎，也有利于有效成分的煎出而提高临床疗效；如蜂蜜炙麻黄，可增强其平喘作用；酒制大黄，可增强其活血化瘀作用；炒炭可增强药物的止血功效等。
炮制可改变药物的性能功效：如生地黄为甘寒之品，具有清热凉血功效，主要用于治疗血热证，但经蒸制成熟地黄后，其药性由寒变温，不再具有清热凉血功效，成为补血滋阴的药物；天南星经猪胆汁炮制后，其药性由温变寒，功效由燥湿化痰变为清热化痰，等等。
6.药材的配伍配伍是根据病情的需要和药物的需要，按一定的法则将两味以上的药物合用，称为配伍。合理的配伍应用可提高中药的临床疗效及用药安全，但不合理的配伍，又会降低临床疗效，甚至产生毒副作用。
配伍提高疗效：从中药的配伍七情来看，增强或提高疗效的配伍关系主要有相须、相使，如石膏与知母配伍可提高清热泻火的功效、大黄与芒硝配伍增强泻下作用、麻黄与桂枝配伍增强发汗作用等。
配伍降低疗效：主要体现在相恶的配伍关系中，常见的情况有：其一，药性相反，而作用部位相同的药物合用，如黄连与吴茱萸、干姜与黄芩等；其二，作用趋向相反的药物配伍使用，如泻下药与涩肠止泻药、止汗药与发汗药，等；其三，扶正药与祛邪药可能相恶，有的祛邪药在祛邪的同时，可能损伤正气，从而可能降低扶正药的作用，如人参与莱菔子等。
7.煎药方法煎药应该选用陶瓷、砂锅，不宜用铜、铁、铝等金属制品，以免发生化学变化。煎药前应加水浸泡 30min，便于有效成分溶出。火候也很重要，一般药材宜先武火后文火，解表药用武火少煎为宜，滋补药应久煎，先武火煎后文火慢煎等均具科学道理，必须严格遵守，如不按此法煎药就会影响疗效。
8.医物人员方面因素8.1 由于当前中药药理学的发展，对许多中药的药理作用有了比较深入的研究。反映到临床上，也影响到医生的用药。如五味子，药理实验表明，其酸性成分具有祛痰镇咳作用，临床上一些医生由于辩证不清对外感咳嗽的病人也用之，对中医理论而言，这就犯了"闭门留寇"之嫌。
8.2 医院多以西医为主，西医医生人数远多于中医。中医医生习惯用汤剂治病，中成药多为西医医生应用，由于其缺乏中医中药知识，应用起来很容易出现问题。比如感冒，中医分风寒、风热等类型，中成药也分辛温解表剂和辛凉解表剂等不同药物，如治疗风寒感冒的感冒清热颗粒（荆芥穗、薄荷、防风、紫苏叶、白芷、葛根、苦杏仁等）和治疗风热感冒的银翘解毒片（金银花、连翘、牛蒡子、淡竹叶、淡豆豉、桔梗、甘草等）。西医医生分不清，用起来当然不会得心应手，也就达不到理想的疗效。
