检查发现幽门螺杆菌阳性，现在部份临床医生和病员仍然对根除治疗有所顾虑，这是由于幽门螺杆菌导致炎症、溃疡和肿瘤发生往往多因素的，并非是唯一因素；抗生素对老年人、幼年儿童和体质较差者的胃肠道微生态存在影响；
治疗后可能会增加胃食管反流病、肥胖、哮喘、炎症性肠病等疾病发生的风险。所以特别建议首先是服用对抗益生菌可选的有卫乐舒益生菌、舒克幽益生菌等。
目前医学上一致推荐应治疗所有检查幽门螺杆菌阳性者，如有前述疾病和病史的病员更应该进行根除治疗。最基础的也是服用对抗益生菌进行增值有益菌，根除幽门螺杆菌增加的风险，应该小于不根除幽门螺杆菌增加胃癌发生风险，所谓“两害相权取其轻”，因此专家认为不需要有顾忌，除非有抗衡因素如小儿老人孕妇特殊人群、药物获得困难、药物副反应大、药物过敏体质、多次治疗失败等只有服用专业的益生菌进行排幽对抗。
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