窝沟封闭的操作过程分为彻底清洁牙面、算蚀、冲洗、干燥、涂布封闭剂、固化和检查等步骤，该操作时无创操作，没有痛苦，绝大部分儿童均能耐受。
做过窝沟封闭术的牙齿有时会有封闭剂部分或全部脱落。造成封闭剂短期内脱落的主要原因是治疗中牙面受湿气污染，如封闭前已处理好的牙面接触唾液或呼吸气息中所带的水汽（常见于哭闹）等等，均可导致封闭剂脱落。尽管窝沟封闭剂有很好的封闭性，但随着牙齿萌出高度增加，上下颌牙齿的咬合面积增加，咬合力量增加，窝沟封闭及本身因磨耗变薄，会破损甚至脱落，所以窝沟封闭剂不是一劳永逸的，需要定期检查。
即使在窝沟封闭剂完整的情况下，做了窝沟封闭的牙齿也不是进了万无一失的“保险箱”，因为窝沟封闭只能预防咬合面的窝沟龋，不能预防邻面和光滑面龋齿。所以要想不得龋齿，应从饮食入手，不吃或少吃导致龋齿的含糖食品，同时配合其他口腔保健措施，如刷牙、使用牙线等。
