腹泻可以由很多种原因引起。肠道感染和食物中毒为急性腹泻(短期的)最常见的原因。慢性腹泻则可能由消化系统的慢性疾病引起，如炎性肠病和肠易激综合征。
首先是寻找腹泻的常规治疗病因，然后针对病因进行治疗。在一些情况下(如找不出病因)，则只能使用一些能降低消化道活动性的药物来控制症状。腹泻的自然疗法有：
消化道内生活着数十亿的细菌和真菌。其中的一些对身体是有益的，如酵母菌和乳酸杆菌。因此，它们被统称为益生菌。益生菌不但有助于消化道的功能，而且还可以通过和无益处的菌类竞争有限的生存空间而减少它们的存在。所以，益生菌在安全地预防和治疗各种类型的腹泻方面具有相当可观的应用前景。
旅行者腹泻：这是一种食用了受污染的食物而引起的腹泻，多见于发展中国家。部分研究(但不是全部)发现经常服用各种益生菌(如GG乳酸杆菌和S酵母菌)能帮助预防旅行者腹泻。
感染性腹泻：儿童经常由于感染病毒而出现腹泻。有13项双盲试验研究了急性腹泻婴幼儿使用益生菌(如GG乳酸杆菌)的效果，对这些试验结果的综合分析发现：使用益生菌能明显地减轻腹泻的严重性和缩短持续时间，或许还可以预防腹泻。但是需牢记幼儿的腹泻不能轻忽。如果腹泻持续两天以上或者极其严重，最好及时到儿科医生那里就诊。
抗生素引起的腹泻：当使用抗生素来治疗感染的时候，它也会杀死消化道内有益的细菌，导致有害的细菌和真菌迁入繁殖并引起腹泻。因此，理论上来说益生菌可以通过和这些有害的菌群竞争有限的生存空间而帮助预防这个问题。大多数(但不是全部)的双盲试验结果的确显示：益生菌(尤其是S酵母菌和GG乳酸杆菌)或许可以帮助预防或者治疗抗生素引起的腹泻。如果您想使用益生菌，最好和抗生素同时使用，然后在用药结束以后，继续使用益生菌治疗一周或两周。注意：抗生素引起的腹泻可能会比较危险，请及时告知医生。
炎性肠病引起的腹泻：克隆恩病和溃疡性结肠炎为常见的炎性肠病。慢性腹泻为炎性肠病的常见症状。一项有116例溃疡性结肠炎病人参与的双盲试验比较了使用大肠杆菌作为益生菌治疗和美沙拉秦作为常规药物治疗的效果。结果显示益生菌治疗可能和低剂量美沙拉秦在控制症状和维持病情缓解方面具有相同的效果。益生菌治疗的有效性证据也见于其他的一些试验。
其他类型的腹泻：初步的研究结果显示益生菌可以帮助减轻癌症治疗(放射治疗和化学治疗)引起的腹泻和其他胃肠道不良反应。一项研究还发现S酵母菌可以增强对阿米巴感染常规治疗的有效性。小样本的双盲研究发现S酵母菌可能可以帮助治疗艾滋病人或者管祠住院病人的慢性腹泻。体重小于2.5千克的早产儿存在得坏死性小肠结肠炎这种危及生命的肠道疾病的风险。一项研究综合分析了总共包含1425例婴儿的9项试验的结果，发现补充益生菌可以明显地降低坏死性小肠结肠炎的发生率以及与其相关的死亡率。
一项大型(255位参与者)双盲试验发现使用一种包含苹果胶质 (apple pectin) 和甘菊 (chamomile) 的产品可以明显改善儿童急性腹泻症状。
一项小型的双盲试验发现洋委陵菜根 (tormentil root) 的一种提取物可以降低儿童轮状病毒感染引起的腹泻的严重性和持续时间。另外一项研究发现这种草药在治疗成年人非特异性腹泻方面具有和治腹泻药物洛哌丁胺几乎一样的效果。这种草药在减轻腹部绞痛方面尤其有效。
有人对牛奶或其他食物过敏可能会引起腹泻。过量摄入维生素C或者镁 (Magnesium) 也会引起腹泻。牛奶还会以另外一种完全不同的方式引起腹泻：由于乳糖的耐受不良。这是一种不能消化乳糖的情况，可见于许多成年人。在这种情况下使用乳糖酶可能会有帮助。
