一些自身免疫性疾病，如1型糖尿病、风湿性关节炎和乳糜泻等等的全球发病率在最近几十年里迅速上升。这些类型的疾病不再罕见，它们开始变得相当普遍。自身免疫性疾病是免疫系统对自身机体的成份发生免疫反应，造成损害而引发的疾病。本来，正常情况下免疫系统只会对侵入机体的外来物产生反应，消灭或排斥这些异物。在某些因素影响下，机体的组织成份或免疫系统本身出现某些异常，致使免疫系统误将自身成份当成外来物进行攻击。这好比一支军队误将它本该保护的主人当成了敌人，自己人打自己人。
那么到底发生了什么？为什么越来越多的人发生自身免疫性疾病呢？
我们的现代环境到底发生了什么使我们的免疫系统陷入混乱？
有些人似乎认为自身免疫性疾病，如1型糖尿病的发生是“坏基因”的结果。但是，这一想法并不能得到足够的支持……
毫无疑问，遗传确实在自身免疫性疾病的发病中发挥着一定的作用；但是，在大多数情况下，遗传不太可能是主要原因。因为，在过去的几个世纪里，自身免疫性疾病的发病率显著上升，但是我们的基因却改变很少。此外，在狩猎民族和生活在与旧石器时代环境十分相似的原始群居部落，自身免疫性疾病十分罕见。这些都支持遗传并不是自身免疫性疾病发病的主要原因。
如果我们仔细想想，那些靠四处觅食为生的人很少得自身免疫性疾病一点也不奇怪，因为1型糖尿病和炎症性肠病等自身免疫性疾病会在很大程度上影响一个人在自然环境下生存和繁殖的能力。这些疾病会对一个人的健康、体能和生活质量产生巨大的影响。
这些都清楚地表明，我们现代生活环境中的一些事物导致了人体免疫系统的功能紊乱。我们不能简单地将这一切归咎于“坏基因”。这不是我们的基因不好，而是我们的环境发生了变化。我们的基因工作得好好的，如果我们回到我们祖先的时代，它们不会引起自身免疫性疾病的发生。只有暴露在现代生活条件下时，它们才会表达对我们的不满，使我们的免疫系统失控并开始攻击我们自身。
那么问题来了：我们的现代生活到底发生了什么？过去几年的许多科学研究让我们越来越清楚地认识到这个问题的答案就在于我们的共生微生物，菌群失调是自身免疫性疾病发生的根本原因。这不是唯一的原因，但绝对是最重要的原因之一。
近些年来，我们的生活环境发生了巨大的变化，在我看来，将来会有越来越多的人得1型糖尿病和牛皮癣。在最近的一个世纪里，各种各样的破坏微生物的事物，比如抗生素和其它药物以及高度加工的食品等等，进入了我们的生活。另外，我们的生活也变得越来越脱离自然，婴儿剖腹产和配方奶喂养变得非常普遍。结合这些，你很快就会明白为什么现代人的微生物会处于这样一种糟糕的状态。
肠道微生物调节宿主的免疫系统
人类的免疫系统是非常强大的，非常复杂而且适应性强。不过，它也并不能自给自足。如果放任自流，任其自行其是，它则不能好好工作。免疫系统的正常工作还取决于来自微生物的信号。
人体的大部分免疫细胞位于胃肠道及其周围。大肠是与人体相关的大多数微生物驻留的地方，也是人体最大的免疫器官，对于人体的免疫功能发挥着至关重要的作用。
如果肠道微生物很糟糕，那么宿主的免疫系统也将很糟糕。如果肠道中各种各样的免疫细胞不能正确的接受它们所要求的信号，免疫系统就可能变得困惑，就会认为那些本来友好的健康的细胞有危害而去攻击它们。这可能会导致胰腺β细胞或其它免疫攻击的友好和有用的组织的破坏，其中胰腺β细胞的破坏就发生在1型糖尿病中。
如果这些类型的免疫反应发生在生命早期，那么对健康的影响可能特别具有破坏性，因为许多表观遗传过程发生在生命的最初几个月或几年。许多情况下的自身免疫性疾病（比如：炎症性肠病）的发生可能部分是由于异常的微生物刺激导致免疫系统在产前和产后的异常发育和启动造成的。如果这种情况发生，在以后的生活中很难甚至不太可能完全扭转。
虽然我们的社会只有少数人已经被诊断出患有自身免疫性疾病，但这并不意味着我们大多数的人免疫系统是功能完善的。毫无疑问，由于现代生活环境中大量破坏微生物的事物的存在，现代社会的大部分人的免疫系统都或多或少都受到影响。我们中的某些人，或许可能是大多数人都正在通往自身免疫性疾病的路上。
关于肠道菌群与自身免疫性疾病的科学研究
最近这些年，大量研究调查了自身免疫性疾病与肠道菌群之间的联系，这些研究充分证明了微生物在自身免疫性疾病的发病中扮演了十分重要的角色。
一些与肠道菌群失调有关的自身免疫性疾病的研究：
干燥综合征
干燥综合征是一种与共生微生物总的相对丰度降低和潜在的病原微生物丰度升高导致的菌群失衡相关的以侵犯泪腺、唾液腺等外分泌腺体为主，以口、眼干燥为常见表现的全身性自身免疫性疾病。
类风湿性关节炎
许多研究表明肠道微生物参与类风湿性关节炎的发病。一些经常暴露于细菌的黏膜位点，包括牙周组织、肺和肠道等可能是类风湿性关节炎自身免疫病发生的最初位点。
牛皮癣
肠道菌群通过增强Th17免疫反应促进牛皮癣样的皮肤炎症。
1型糖尿病
1型糖尿病患者在血清转阳和疾病确诊之间的时间段内肠道菌群的α-多样性显著下降，同时伴随着促炎症的细菌数量的增加以及基因功能、血清和粪便代谢谱的改变。
炎症性肠病
许多研究分析了肠道菌群组成的变化与炎症性肠病发病之间的相关性，表明炎症性肠病是肠道菌群和黏膜免疫系统之间相互作用的改变导致的。
桥本氏甲状腺炎
越来越多的证据表明，包括感染在内的环境因素是引发遗传易感的人群患桥本氏甲状腺炎的关键。不仅仅是病原菌，肠道共生微生物也能影响肠道外的免疫反应，肠道菌群的紊乱可能导致机体失去对包括甲状腺球蛋白在内的自身抗原的耐受性，而导致自身免疫性的桥本氏甲状腺炎的发生。
乳糜泻
乳糜泻是对麦胶（俗称面筋）不耐受而引起的慢性小肠吸收不良综合征。最近的关于乳糜泻的研究证据表明先天免疫在通过刺激适应性免疫反应和黏膜损伤引起的免疫应答中发挥作用。肠道微生物和黏膜壁之间的相互作用也受到那些能够激活先天免疫的相似受体的调节。因此，肠道菌群的改变可能导致炎症通路的激活。
关于肠道微生物与自身免疫性疾病之间的关系的科学研究目前仍处于初级阶段。这些研究清晰地表明微生物在自身免疫性疾病中发挥关键作用，然而，仍需要更多的研究来阐明肠道微生物在宿主免疫调节中的作用。
以上提到的关于自身免疫性疾病与肠道菌群的研究，以及肠道微生物在调节人类免疫反应中的作用，我们认为自身免疫性疾病很可能起源于肠道，肠道菌群失衡是自身免疫性疾病的根源所在。当然，这也肯定不是唯一的原因，一些其它的因素也在发挥作用。但是，我们始终相信肠道菌群的失衡时引发免疫相关的疾病的主要原因。
了解在不同的自身免疫性疾病中具体哪些类型的肠道细菌消失了、减少了或者增多了，或许其实并不重要。重要的是理解其具体的作用机制以及这一切是如何联系在一起的。自身免疫性疾病中肠道菌群功能紊乱的中心是菌群多样性的降低和菌群失衡，这可能是引起疾病的原因，也可能是疾病所导致的结果。
许多疾病都能导致肠道菌群多样性的降低和促炎细菌的生长，然而也可能相反，菌群多样性的降低和促炎细菌的生长也可能导致疾病的发生。许多研究表明菌群多样性的丧失和菌群失衡会导致一系列免疫功能的紊乱，为自身免疫性疾病的发生奠定基础。
自身免疫性疾病也可能发展成一个恶性循环，菌群多样性的丧失和/或菌群失衡导致自身免疫性疾病的发生，自身免疫性疾病又可能进一步加剧肠道菌群的紊乱。例如，在炎症性肠病患者中，遗传易感性以及特定的不恰当的微生物环境导致的免疫系统功能紊乱为肠道组织慢性炎症的发生做好了准备。毫无疑问，一个人患了某一种自身免疫性疾病也可能更容易发生更多其它的自身免疫性疾病，因为大多数的自身免疫性疾病都有一个相似的根源。
修复肠道，重启免疫系统
通常认为,自身免疫性疾病,如1型糖尿病是无法治愈的。确实，自身免疫性疾病在某些情况下可能已经造成非常严重的损害，要完全治愈确实很难或不可能。然而，这种情况可能只是少数。一些研究表明调节肠道菌群可以有效的治疗自身免疫性疾病。例如，最近的一些研究表明粪菌移植能够有效的缓解炎症性肠病。这种类型的干预对于其它某些自身免疫性疾病也可能会更有效。例如，我们可能可以通过修复1型糖尿病患者的肠道菌群来恢复他们胰腺β细胞的大部分功能。修复肠道菌群应该成为常规预防和治疗自身免疫性疾病的一部分。
参考资料：Autoimmunity Originates in the Gut
