尽管“契卡”是为铲除形形色色的反对者而组建，但它在诞生后实施的第一场大规模行动，却是为了镇压布尔什维克党的头号盟友——具有民粹主义色彩、深受俄国农民拥戴的左派社会革命党人（Left SR）。
内部的分裂
左派社会革命党的前身是1901年组建的旧俄国社会革命党（PSR），以擅长暗杀和城市恐怖活动而著称。1917年11月，他们是唯一一个与布尔什维克党结成同盟的主要政党，在人民委员会（内阁）中占据了将近1/3的部长席位。当年12月底，当苏俄政权与德奥土三国的和平谈判在布列斯特开启后，左派社会革命党人公开反对割地赔款，从而与列宁提出的不惜一切代价缔结和约的意见形成了对立。
捷尔任斯基和托洛茨基一样既反对割地、又不赞成继续战争，但他们在全党可能分裂的压力下选择了妥协，从而在1918年3月达成了《布列斯特和约》。但左派社会革命党对此深恶痛绝，他们公开指责布尔什维克是“条顿帝国主义的走狗”，并痛斥列宁和托洛茨基“背叛革命”。
挑动苏德重新开战
1918年7月5日，在莫斯科召开的全俄苏维埃“五大”上，左派社会革命党人再度攻击了布尔什维克党的和平路线，并谴责正在农村进行的征粮活动是对农民权益的践踏。21岁就从事暗杀活动的左派社会革命党领袖斯皮里多诺娃公开宣称：“我要像过去那样，握紧左轮枪和炸弹。”但没有引起布尔什维克党人的警惕。一天后，激进派所称的“第三次革命”爆发了——两名左派社会革命党人、“契卡”反间谍部头目和另一位特工闯入德国大使馆，宣称冯·米尔巴赫大使的一位亲戚卷入了间谍活动。当大使本人现身后，一人拔出手枪，朝大使、书记官和翻译连开5枪，不过无一命中。书记官和翻译躲到了桌子底下，米尔巴赫伯爵则试图跳窗逃生，却被安德烈耶夫一枪打中。两名刺客随后丢下一颗手榴弹，从后门跑出了使馆、坐上一辆汽车逃之夭夭。
刺杀米尔巴赫是左派社会革命党破坏《布列斯特和约》、挑动苏德重新开战的关键举措。为了阻止这一企图，列宁下令“契卡”特工包围莫斯科大剧院，将参加“五大”的左派社会革命党人悉数逮捕。但一支由波罗的海水兵组成的800人“契卡”分队选择效忠激进派，他们在左派社会革命党中央委员季米特里·波波夫指挥下捣毁了莫斯科的“契卡”总部，逮捕了捷尔任斯基和另一位领导人拉齐斯，并通过电报局向全国发出了“对德战争重新开始”的宣言。不过，他们虽然是优秀的刺客，却缺少城市巷战经验，没能在第一时间集结起足够的正规军。7月6日夜间，托洛茨基调来了两个拉脱维亚团，决定实施武力镇压。
对左派社会党人的围追堵截
7月7日上午，拉脱维亚步枪兵的第一轮炮火准备就摧毁了波波夫的指挥部，后者仓皇逃往乌克兰，其余追随者则放下武器投降。左派社会革命党被作为反革命团体彻底取缔，亚历山德罗维奇和12名反叛的“契卡”特工被就地枪决，斯皮里多诺娃也被关入监狱、直到23年后被处决。捷尔任斯基一度因监管不力引咎辞职，但他在一个月后就官复原职，因为左派社会党人的残部仍在四处活动，需要他来组织弹压。
7月30日，德军基辅集团军群司令冯·埃希霍恩元帅被左派社会革命党人暗杀。8月30日，彼得格勒“契卡”主席乌里茨基被22岁的军校学员卡涅吉塞打死。同一天，列宁本人也遭到老社会革命党人、女刺客芬妮·卡普兰的暗杀，命悬一线。这几次暗杀行动和协约国决定开始对俄军事干涉的时间窗恰好吻合，令布尔什维克党人大为震怒。年轻的中央委员布哈林当即宣称：“如果法治行不通，就让枪炮说话！”8月30日深夜，全俄苏维埃中央执委会向全国工人、农民和红军士兵发出号召，要求他们以“对革命公敌进行残酷无情的恐怖行动”来回应激进派的暗杀。“契卡”随即开启了著名的“红色恐怖”时期。
红色恐怖时期
列宁遇刺后的几个月里，仅在彼得格勒就有800名左派社会革命党人、布尔什维克中的“动摇分子”和其他“阶级敌人”在未经审判的情况下被处决，另有6000余人被捕。1918年9月的一份“契卡”内部通报显示，此前一年在全俄共有10000—15000名“阶级异己分子”被处决。乌克兰“契卡”在1918年处决了3000—5000人，到1921年为止共处决了20000人。
保守估计，从1918年夏天到1919年上半年，遭到“契卡”处决的俄国公民多达8389人，另有大批政治犯被关入昔日沙皇囚禁革命者的监狱；而“契卡”内卫部队的规模则膨胀到20000人以上。随着红军的战线向西深入，“契卡”也进入波罗的海地区活动。1919年春天，他们在里加处决了2000多名拉脱维亚政治犯，仅2月20日一天就枪毙了1000人。据拉脱维亚政府战后统计，整个1919年，在红军控制区共有5000—7000人被“契卡”枪毙，超过沙俄政府在1825—1910年处决的政治犯总数（3932人）。而整个“红色恐怖”期间的遇难人数据信高达10余万人。
“杀人狂”的理想
创始人捷尔任斯基并非天生杀人狂，但他和当时众多富于理想主义色彩的布尔什维克一样，认定恐怖手段是“必要的邪恶”；为了达成巩固苏维埃政权、净化革命的目的，一切非常措施都是可以容忍的。在“红色恐怖”的岁月里，他把在沙皇监狱里学会的各种刑侦手段加以十倍、百倍的强化，应用到对“阶级敌人”的审讯和抓捕中，“以便实行对那些企图扼杀苏维埃政权、对抗革命的敌对分子的无情打击”。在彼得格勒，“契卡”发明了绑架白军军官和社会革命党人的家属、以此胁迫对方出来自首的策略。日后遍布整个苏联版图的劳改营“古拉格”（Gulag），也是在他任内最初创建；到内战结束时，其中的“居民”已经超过7万人。
在夜以继日地工作之外，捷尔任斯基几乎没有私人生活。他的副手拉齐斯回忆说：“为了弄清案情，他经常整夜整夜地坐在办公室里。没有时间回家，就睡在办公室的屏风后面；吃饭也在这儿，由交通员把饭菜送进来，待遇和普通工作人员完全一样。”1919年的一天，疲惫的捷尔任斯基偶然有一次去探望自己的姐姐，姐姐因为体恤弟弟，专门给他烤了白面饼。但当他听说面粉是从黑市上买来的时，直接把餐盘掷出了窗外。这也是“铁费利克斯”这个绰号的来历——既指他的雷厉风行，也指他的不近人情。
