甲氨蝶呤作为一种免疫抑制剂，被用来治疗类风湿关节炎等多种自身免疫病，使用剂量一般7.5mg到20mg每周。对于风湿免疫科医师和患者，为了避免或降低服用甲氨蝶呤带来的副作用，在处方或服用甲氨蝶呤时应注意以下几点：
（1）开始服用的头3个月，每2周查1次血、尿常规和肝肾功能，以后每1～3月查1次；
（2）对有肝炎病史的病人，要慎用或不要长期使用，并忌酒；
（3）有巨幼红细胞贫血、口腔溃疡、轻度肝损害或有严重的末梢神经炎病人，可加用叶酸每天5毫克，每天3次；
（4）出现较严重腹泻和溃疡性口腔炎须考虑停药，以防发生出血性肠炎和致命的肠穿孔；
（5）对于甲氨蝶呤过量中毒时，可应用甲酰四氢叶酸6～12毫克肌肉注射，6小时1次，共4次，必要时进行血液透析；
（6）合用可使该药血药浓度升高的药物如保泰松、苯妥英钠、苯巴比妥、皮质醇、磺胺类、四环素、氯霉素、对氨基苯甲酸、青霉素、水杨酸盐类和丙磺舒等时，应注意下调剂量；
（7）如同时有腹水或胸水时，甲氨蝶呤剂量也不宜过大。
对于类风湿患者，如果使用甲氨蝶呤治疗无效，依旧关节肿胀疼痛，就需要改变治疗方案，针对于目前全国部分三甲医院开展的生物制剂联合甲氨蝶呤治疗类风湿的项目，就是为改善目前使用甲氨蝶呤治疗效果不佳的情况。
开展生物制剂治疗RA临床研究的项目分布医院以北京大学人民人员带头，部分医院如下
中国医学科学院北京协和医院
蚌埠医学院第一附属医院
安徽省
安徽医科大学第一附属医院
安徽省
安徽省立医院
安徽省
北京大学第三医院
北京市
首都医科大学宣武医院
北京市
北京大学第一医院
北京市
北京医院
北京市
厦门大学附属第一医院
福建省
汕头大学医学院第一附属医院
广东省
广州医学院附属第二医院
广东省
中山大学附属第三医院
广东省
中山大学孙逸仙纪念医院
广东省
中山大学附属第一医院
广东省
广西壮族自治区人民医院
广西省
河北省人民医院
河北省
河北医科大学第二医院
河北省
郑州大学第一附属医院
河南省
哈尔滨医科大学附属第一医院
黑龙江
齐齐哈尔市第一医院
黑龙江
华中科技大学同济医学院附属同济医院
湖北省
中南大学湘雅三医院
湖南省
中南大学湘雅医院
湖南省
吉林大学中日联谊医院
吉林省
吉林大学第一医院
吉林省
苏州大学附属第一医院
江苏省
徐州市中心医院
江苏省
南京大学医学院附属鼓楼医院
江苏省
苏北人民医院
江苏省
中国医科大学附属第一医院
辽宁省
内蒙古科技大学包头医学院第一附属医院
内蒙古
内蒙古科技大学第一附属医院
内蒙古
内蒙古医科大学附属医院
内蒙古
青海大学附属医院
青海省
济宁市第一人民医院
山东省
山东省立医院
山东省
临沂市人民医院
山东省
山西医科大学第一医院
山西省
山西医科大学第二医院
陕西省
西安交通大学第一附属医院
陕西省
第二军医大学附属长海医院
上海市
上海市光华中西医结合医院
上海市
四川大学华西医院
四川省
四川省人民医院北京市
四川省
新疆维吾尔自治区人民医院
新疆
新疆医科大学第一附属医院
新疆
昆明医科大学第一附属医院
云南省
以上医院目前招募甲氨蝶呤治疗效果不佳的类风湿关节炎患者，对于符合条件的患者，可以免费获得生物制剂的治疗，以及项目相关的检查。类风湿患者均可报名，为保证医院的正常就诊秩序，需要患者提前报名预约。
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