人类在长期进化过程中，人和体内菌群形成了一个互相影响，互相作用的生态系统，建立了稳定的机体内环境，微生物酵素具有清除体内毒素垃圾，改善机体内环境的作用。
1.能促进肝脏解毒过程
肝脏是人体最大的解毒器官，血液中各种营养物质和代谢产物都要通过肝脏过滤识别，把有用的营养物质经血液输送给全身组织细胞，把有毒物质分解，经肠道、泌尿道、皮肤排出体外，肝脏被称为人体健康的“卫士”。
肝细胞能产生数百种代谢酵素，对蛋白质腐败产生的氨进行解毒排毒，氨经过肝脏解毒，变成无毒的尿素，随尿液排出体外。大肠内氨基酸的脱羧（suo）作用是产生胺毒的重要途径，肠道内的细菌也大都具有产胺毒的能力，正常情况下，胺快速从结肠吸收，在肝脏和肠黏膜中通过一胺和二胺氧化酵素的作用解毒。
微生物酵素能抑制致病菌产生内毒素，对减少肝损伤、保护肝脏有明显作用。
饮酒或酗酒会造成肝损伤，过量饮酒、醉酒，所出现的头晕、头痛、恶心、呕吐，就是乙醛中毒的结果。完成酒精分解需要乙醇分解酵素（ADH）和乙醛分解酵素（ALDH），补充微生物酵素使酒精分解过程加速，对减少醉酒增加酒量有明显效果。
2.提高肾功能，促进肾脏排毒作用
微生物酵素可以提高肾脏细胞的活力与功能，加速排出体内毒素和多余的水分，减轻肝脏负担，通过黏膜免疫的协同作用，减轻肾脏的炎症等辅助治疗作用，已经得到临床验证。例如，尿毒症血液透析治疗的患者，服用微生物酵素1-2周后，尿素氮明显减少甚至消失。
3.调节胆固醇代谢，减少心血管病的发生
微生物酵素调节胆固醇代谢，降低胆固醇，减少心血管病的发生。微生物酵素中的益生菌，可以将肠道内50%以上的游离胆固醇还原，变成不能吸收的大分子粪固醇排出体外。
酵素参与所有的生命活动，若没有酵素，生化反应将无法进行。因此，酵素对生命的重要性不言而喻，甚至很多人将它称为“活着的物质”，“掌握所有生命活动的物质”。
