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《素问·灵兰秘典论》根据十二脏腑在人体中的不同分工合作关系，将十二脏腑喻为君臣十二官，分别论述了它们的功能。
心主宰生命活动，通过神明来协调各脏腑的功能，喻为“君主之官”。张介宾注：“心为一身之君主，禀虚灵而含造化，具一理以应万几，脏腑百骸，唯所是命，聪明智慧，莫不由之，故曰神明出焉。”
肺主气司呼吸，调节全身气机，辅助心血运行，而且位高近心，犹如宰相，喻为“相傅之官”。张介宾注：“肺与心皆居膈上，位高近君，犹之宰辅，故称相傅之官。肺主气，气调则营卫脏腑无所不治，故曰治节出焉。”
肝藏血舍魂，职司谋虑，又主筋，司运动，喻为“将军之官”。恽铁樵曰：“肝主怒，拟其似者，故曰将军。怒则不复有谋虑，是肝之病也，从病之失职，以测不病时之本能，故谋虑归诸肝。”《明堂五脏论》“肝者，干也”，《尔雅》“干，也，即相卫也”，段玉裁以为即“干身蔽目”，皆说明肝脏具有护卫人体的作用；另外，干，含有干犯的含义，说明肝的特性为易于侵犯它脏，如乘脾，侮肺等。
胆参与谋虑而善决断，刚正果决，喻为“中正之官”。因其具有主司人体的决断，不偏不倚，正确处理问题的功能，而临床上胆气虚的病人，易出现易惊、易恐、多疑、不决的症状，故温胆汤可治疗惊悸不宁之证。《明堂五脏论》认为“胆为贯也”，贯，即贯穿，指胆的功能贯穿十二脏腑，一则胆分泌胆汁，可助六腑之消化，一则胆主决断，可通过影响精神活动影响五脏，故又有“十一脏取决于胆”之说。
膻中，注释凡二：一指气海，王冰注：“膻中者，在胸中两乳间，为气之海。然心主为君，以敷宣教令，膻中主气，以分布阴阳。气和志适，则喜乐由生，分布阴阳，故官为臣使也。”二指心包络，张琦《素问释义》注：“膻中即心包络，为心主之宫城也”，作为十二官之一，当指心包络。薛雪注云“膻中亦名上气海，为宗气积之处，心包络，包为膜，心君之宫室，⋯⋯膻中者，宫室外之城府也。”说明膻中为无形之宗气，心包络乃包之血络。程士德《素问注释汇萃》云：“然五脏六腑合为十二脏，焉得谓无形之气，这里的膻中当指心包络。”张介宾亦注“按十二经表里，有心包络而无膻中，心包之位正居膈上，为心之护卫。《胀论》云：‘膻中者，心主之宫城也’，正合心包臣使之义。”《灵枢·邪客》言：“心者，五脏六腑之大主也，邪弗能容也，容之则心伤，心伤则神去，神去则死矣。故诸邪之在心者，皆在于心包络”。故叶天士有“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”的论述。总之，膻中（心包络）护卫心脏，最接近“君主”，犹如内臣，能传达心主的情志与命令，喻为“臣使之官”。
脾胃受纳水谷，运化精微以供养全身，犹如藏粮之所，喻为“仓廪之官”。《礼记·月令》：“谷藏曰仓，米藏曰廪”，原通指藏粮之所。五味出焉，吴崑注：“脾胃和则知五味，脾胃不和则诸物失味，故云五味出焉。”《明堂五脏论》认为“脾者，裨也，为言裨助胃气也”。裨，《说文解字》“接益也”。即脾的功能是对胃气功能的接益或补充。《素问·太阴阳明论》将其表述为“脾主为胃行其津液”，“脾藏者，常著胃土之精也”。由于二者在功能的不可分，故将二者并称，并在多处经文中将二者的含义互相指代。
肾藏精，主发育与生殖，主髓养骨充脑，是形体强壮的基础和智慧聪明的源泉，喻为“作强之官”，而出“伎巧”。肾主骨生髓，脑为髓海，髓充则骨强，智多生巧。说明人体格的强健与智力的聪颖，皆是由肾精，主要是先天父母之精决定。据《明堂五脏论》“肾者，引也，为言引水谷和利精神”，由于肾为“胃之关”，开窍于二阴，功能正常有使水谷正常代谢的功能，同时，“肾藏精，精舍志”，故对人体的精神活动有调节功能。
小肠受纳胃中初步消化的食物，并进一步分别清浊，其精微物质经脾的转输作用运送至五脏，其水液经下焦渗入膀胱，其残渣向下进入大肠，喻为“受盛之官”，“化物出焉”。据《明堂五脏论》“肠者畅也”，即大小肠的功能均宜通畅下行，但由于小肠的功能复杂，食物留驻的时间较长，故曰“小肠”（小畅），大肠仅传化糟粕，功能单一，故需留驻的时间较短，因此曰“大肠”（大畅）。
大肠将水谷残渣继续向下传导，称为“传导之官”，其将残渣中部分水分吸收，并形成粪便排出，因而谓“变化出焉”。大肠的传导功能与下列几个脏腑的功能相关：一是肺的肃降，唐容川《医经精义·脏腑之官》言：“大肠之所以能传导者，以其为肺之府，肺气下达，故能传导”；二是胃的降浊功能。三是肾的气化功能。
三焦化气行水，维持津液在全身的输布畅通，三当释为大、多，焦乃“会”之意，指空隙之处。凡体腔上下，脏腑之外组织空隙之处，均为三焦之所，被喻为“决渎之官”，而出“水道”。另《内经》中三焦又有三部之意，是上焦心肺，中焦脾胃，下焦肝肾的代称。
膀胱是津液汇聚之处，而名为“州都之官”，州，有聚义；都，水泽所聚谓之都。膀胱在肾的气化作用下，将津液中有用的部分升腾输布至全身，而无用的废料则成为尿液经前阴排出，故曰“气化则能出矣”。
《素问·灵兰秘典论》论述十二脏腑的主要功能及其相互关系，强调了各脏腑既分工又协作的整体协调的重要性和心的主导作用。十二脏腑的相互关系在于“凡此十二官不得相失”。十二脏腑在人体生命活动中发挥的功能和所处地位虽不相同，但它们的功能活动必须相互配合，相互为用，协调统一，不得相失，这种关系称之为“相使”。如果十二脏失其相使协调的正常关系，就会“使道闭塞不通，形乃大伤”。充分体现了中医整体观思想。而在这个“相使”关系当中，心起着最为重要的作用。心为君主，君主圣明，则百官各司其职，安于其位，脏腑功能协调、正常。心主不明则神无所主，而脏腑相使之道闭塞不通，致使脏腑的功能失常。使道就是心神协调十二脏腑相互关系的通道，即血脉。而在这里，心实际上又是“神”的代名词，强调了神在脏腑相使中的主宰作用，举凡《内经》论人体生理、病理、诊断、治疗与养生，无不把“神”放在首位，也正体现了这一观点。
