已经证实癫痫母亲所生的小孩先天畸形约比无癫痫母亲所生的儿童高 2～3 倍。婴儿可以出现口面、心血管及骨骼系统严重或轻微畸形，其婴儿发生口面裂的危险性较非癫痫母亲的婴儿高 4～11倍，先天性心脏病增加4～7倍。
到目前为止，卡马西平、拉莫三嗪、丙戊酸等抗癫痫药物均有致畸的报道。致畸的机理不明, 可能与抗癫痫药物引起染色体突变或干扰叶酸代谢、导致孕妇体内脱氧核糖核酸合成障碍有关。
在抗癫痫药物中，苯妥因可以导致胎儿苯妥因综合征: 胎儿及生后发育不良，小头，颅面畸形尤其是双眼距过大及指(趾)甲指(趾)骨发育不良，还可有面裂，先天性心脏病 泌尿生殖器畸形，皮下血管畸形，脑畸形及胚胎性肿瘤。巴比妥类药物可以导致先天性心脏病、颅面及肢体畸形, 包括面裂。卡马西平可导致胎儿胎头小、身高体重小、髋关节脱位、腹股沟疝、尿道下裂、先天性心脏病及神经管缺损。丙戊酸除可以引起上述相关畸形外，其具有较独特的致畸作用，即脊柱裂等神经管缺损，其发生率为2. 5%。同时丙戊酸为唯一证实畸形与剂量有关的抗癫痫药物，剂量越大，致畸危险也越高。除了致畸的副作用外, 抗癫痫药物本身也可能导致孕妇后代精神运动性发育迟滞。
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