《灵枢经》治疗腑病所选的穴位为六腑的下合穴，《邪气脏腑病形第四》详细介绍了六腑病的发病与治疗。“荥输治外经，合治内腑”，就是以荥输为代表的五输穴可以治疗在外的经脉气血相倾引起的疾病，而内腑病的治疗需要取下合穴。补泻手法与前文所谈的补泻方式一致，只是因为六腑病较深，针刺深度要稍微深一些，一般深八分到一寸左右。还需说明一点细节的问题，胆的下合穴阳陵泉在《灵枢经》的定位与现在标准针灸穴位不同，“阳陵泉者，正竖膝予之齐，下至委阳之阳取之”，具体体表位置应在靠近横纹的股二头肌腱外侧，与委阳穴相隔一条肌腱。
治疗六腑病的实证也可以针刺泻十二募穴。我们摸到一部脉特别结实，此时再细细地摸一下这个结实的点，如果脉虽然结实但是重按下去无根，只在表层很结实，这时候病人的不适也多是气胀痛或游走痛，我们就可以取六腑的募穴；如果脉很结实且越用力按越结实，这时候病人的不适也多固定不移，我们可以取五脏的募穴。
《灵枢经》治疗脏病所采用的方法为艾灸背俞穴，《背俞第五十一》中详细记录了每一脏背俞穴的位置。临床进行艾灸操作时要在所在穴位的周围轻触，找准穴位后再在背俞穴上施行艾灸补泻。一般穴位所在皮肤下会比较松软或皮肤异常，甚至有的穴位处有颜色变化，以手按下去病人会感觉很舒服的酸痛，很多脏病的疼痛按摩一下背俞穴就能够缓解。因为脏病病位较深，病情较重，治疗时一定要嘱咐病人注意休息，改变生活习惯。
