上海市儿童医院呼吸科是我国最早成立的儿童呼吸科专业的科室之一，是我国儿科呼吸领域的临床、科研和疑难病诊治中心。2009年成为院重点建设学科，同时是上海交通大学儿童呼吸道感染性疾病诊治中心及儿童哮喘诊治分中心，是儿科呼吸专业国家临床药物试验基地。
上海市儿童医院呼吸科（泸定院区）拥有设施齐全的独立专科病区(普通、A类共计床位36张)；专科门诊包括普通专科、专家专科、特需专科和哮喘与咳嗽专病门诊，可以满足不同的需求。呼吸科拥有目前各种国内外先进诊疗设备和设施，如儿童支气管镜检查室、肺功能室、呼出气体一氧化氮（FeNO）、特异性免疫治疗室、中心雾化室等，能够保证各类儿童呼吸道疾病得童医院呼吸科拥有一个经过严格呼吸专业培训的团队。多年来承担了多项国际和国内重大科研项目。承担了住院医师规范化培训、上海交通大学医学院本科和研究生的培训，有着丰富的临床、教学和科研能力。
主要特色：
1. 小儿各种常见呼吸系统感染性和过敏性疾病的诊断与治疗
2、各种复杂性、难治性呼吸系统感染性疾病的诊断与治疗，如：肺炎链球菌感染、金黄色葡萄球菌感染、真菌感染、结核杆菌感染、肺炎支原体（衣原体）等引起的呼吸系统感染性疾病。各种病毒如：EB病毒、单纯疱疹病毒、“手足口病”病毒、“禽流感”病毒、“甲流”病毒等引起的重症肺炎。各种原因所致的脓（气）胸、胸腔积液、肺脓肿，以及各种肺实变、肺空洞、坏死性肺炎、纤维化等。
在对不同病原微生物的引起的发热、影像学变化等有独到的认识。在肺实变和肺空洞的研究方面处于国内领先地位。在“抗菌素”的精准应用方面有深刻的认识与运用经验。
3. 小儿支气管镜介入技术诊断治疗复杂、危重的呼吸系统疾病
运用包括支气管镜技术在内的多种技术对各种肺炎肺实变（纤维化除外）、痰液（栓）阻塞、（支）气管狭窄变形闭塞的介入等治疗，有独创优势。
4. 小儿咳嗽、哮喘及过敏性疾病诊治和长期随访
我们开展的肺功能、呼出气体一氧化氮（FeNO）检测技术、外周血白三烯D-4和尿白三烯E4 (LTE4) 检测技术，可以动态检测哮喘和过敏性咳嗽患儿气道的变态反应性炎症和气道的高反应性，以及导致咳嗽喘息发作的炎症介质白三烯水平的变化，观察治疗反应和治疗效果，及时调整治疗方案和治疗方向。
5. 小儿先天性支气管（肺）发育异常的检查与诊治
6. 小儿肺间质性疾病和肺血管疾病诊治
