春季，过敏症状频发，微生物专家已经证实：在全球气候变化与肠道微生物改变之间，有许多类似之处。现代流行病，尤其过敏症不是简单的疾病，而是内在变化的外在表现。我们可以从许多方面看到这个问题：一个孩子身体里微生物生态系统改变了、免疫力降低了，这时，一个不算凶险的病原体都可能破坏孩子的胰腺，并导致青少年糖尿病。再举一个例子，有些儿童对花生或者谷蛋自过敏。固然，这些食物直到近7000多年才成为人类食谱的一部分，但是，正是由于体内的微生物和免疫系统在发育中发生了改变，儿童对花生或者谷蛋白才产生了急性过敏症。就像愈来愈糟糕的飓风季—它们本身已经够麻烦的了，但是，它们只是反映了更大尺度上的生态失衡。
有可能，某种潜在的致命性突变细菌此时此刻正生活在某种动物体内，躲在世界的某个角落。它甚至可能获得了更强的传播性。未来，它可能会误打误撞地潜伏进农场里某种高密度饲养的动物，从而来到我们身边。也许它们会跃迁到某种中间宿主里，或者干脆直接进入人体。无论如何，暴风雨随时会到来。
幸运的是，大自然已经为我们人类提供了堤坝——我们体内多种多样的微生物，携带着2000多万个基因帮助抵御疾病。它们是游击战土，保护着我们的生命安全—前提是我们同样也要保护它们。不过，最近的研究显示，一些正常人已经失去了体内15%~40%的微生物多样性，随之失去的还有这些微生物的基因。
过敏的根源在于人体免疫力的降低，而过敏的克星正是益生菌。
益生菌可以通过刺激肠道内的免疫机能，将过低或过高的免疫活性调节至正常状态。
肠道被称为人体中最大的免疫系统：70%以上的免疫细胞都分布在肠道上。经研究，肠道内益生菌中的双歧杆菌及乳酸菌的数量多会使肠道有害细菌减少。嗜酸乳杆菌可降低鼠伤寒沙门菌、大肠杆菌、假结核耶尔森菌、产单核细胞李斯特菌、福氏志贺菌和肺炎克雷伯菌等这些有害菌的生存能力。益生菌可与有害菌竞争营养物质，并消耗肠道内的氧气，造成不利于有害菌的环境。益生菌可以产生乳酸。乳酸能降低局部pH，抑制对酸敏感的肠道致病菌的生长。保加利亚乳杆菌、嗜酸乳杆菌和乳酸乳杆菌等能产生过氧化氢，也具有抑菌作用。通过对细胞因子进行调节，益生菌还可产生特异的抗菌肽或抗微生物因子，即所谓的细菌素。如嗜酸乳杆菌可产生一种广谱蛋白质细菌素，对沙门菌、志贺菌和假单胞菌都有抑菌作用。这些抗菌物质可以破坏细胞膜，干扰酶的合成，从而杀死易感细菌。此外，益生菌还能产生一种胆盐衍生物，称为去结合胆汁酸。它的抗菌活性比机体自身合成的胆盐更强。以上有益菌在肠道内营造一个菌群平衡的微环境。身体70%的免疫能力得到了保护。
此外，益生菌对淋巴系统的调节作用。益生菌进入消化道后，首先被淋巴集结中的M细胞摄取、内化，然后与抗原呈递细胞接触，激活其表面受体释放细胞因子，启动免疫信号。该过程的调节机制为：益生菌可调节细胞信号转导，进而刺激宿主细胞产生不同的细胞因子，引起免疫细胞的不同反应，从而调节免疫功能。益生菌可增加粒细胞、淋巴细胞及自然杀伤细胞的数量和活性，分泌细胞因子，增强适应性免疫功能，从而调节机体系统免疫应答。
益生菌对于机体自身免疫也发挥着重要作用。多种自身免疫疾病模型的研究证实，益生菌通过产生调节性T细胞等机制，可促进肠道耐受，维持机体的免疫平衡状态。
益生菌可以激活全身血液中的免疫细胞，它们可以促进机体产生免疫球蛋白，这种粘膜抗体是分布在全身的，当然呼吸道和胃肠道中是最多，所以益生菌对预防呼吸道和胃肠道疾病是有针对性的作用的。
