极大多数慢性乙型肝炎病人，如果不经过抗病毒治疗，可能病变会逐渐发展，最终约有40%加重为肝硬化；但也确有少数患者会自然好转。南方医科大学南方医院感染内科主任医师朱幼芙表示，肝炎的自然恢复有几种方式，有在漫长的时间中自然恢复的，也有免疫逐渐增强自然恢复的，因人而异。患者不要有侥幸的心理，还需要积极治疗。
免疫增强可自然恢复
多数是肝纤维化逐渐增多，病变进展；也有免疫逐渐增强的患者，最后能够自然恢复。两种结局都与炎症程度相关：如调查肝炎患者的血清HBeAg清除，观察12个月，谷丙酶<正常值2.5倍的患者不到10%HBeAg清除、相当于谷丙酶正常值2.5～5倍的患者有10%HBeAg清除、>正常值5倍的超过40%的患者HBeAg清除；相反，肝纤维化加重的程度也与谷丙酶的水平成正比。
感染肝炎后建立病毒病毒免疫机制
也有少数人炎症活动后抗病毒免疫建立，而最终病情缓解。由于某些原因，有些患者病情突然加重，血清转氨酶升高到正常值的10倍以上、甚至出现黄疸，极度疲乏、恶性呕吐。
经过住院治疗逐渐恢复，此时血清病毒可能检不出，“大三阳”可能也转阴。有人以为某些降酶药也能抗病毒，实际是大量复制病毒的肝细胞被破坏，病毒也被清除掉。等到炎症逐渐控制，血清转氨酶逐渐降低，此时多数人血清病毒还会逐渐增高。
漫长的时间中不知不觉恢复
这样的患者也是少数，经过漫长的岁月，在不知不觉中自然恢复的；但也有经过漫长的岁月，在不知不觉中发生肝硬化的。
实际上当前完全不治疗、听其自然发展的患者不多，患者亦可以用一些降酶药，甚至用过干扰素，这样对恢复有一定帮助。在评估干扰素的效果时，应考虑相当比率的自发性“大三阳”清除，干扰素的治疗效果，实际上只是在自发性HBeAg清除基础上的提高。
