几千年来，我们的身体不仅与生活在我们体内和体表的细菌、真菌和病毒和谐共生，特别是肠道细菌。众所周知，肠道菌群能够帮助我们的食物消化和吸收，但是肠道细菌的好处远不止这些，它们还发挥着许多非常重要的作用：
提高免疫健康
改善情绪和心理健康
提升能量水平
改善胆固醇水平
调节激素水平
降低酵母感染的发生
维持健康的体重
改善口腔健康
帮助延年益寿
肠道细菌帮助提高免疫健康
好的肠道细菌除了改善消化吸收以外的一个非常重要的功能就是强化免疫系统，阻止病原微生物在我们体内占有一席之地。与我们共生的微生物产生的代谢产物能够增强机体对细菌、酵母和其它外源入侵的病原体的抵御能力。肠道细菌可以增强肠道屏障功能，阻止病原体由肠道进入我们的身体。这在我们的大肠中尤为重要，因为在排泄以前大量的食物残渣在此积累。如果没有强有力的屏障保护，粪便中的毒素可能被重吸收，给免疫系统增加额外的负担。
这种保护机制取决于肠道细菌所产生的一种脂肪酸——丁酸。丁酸是肠道粘膜细胞的主要能量来源，可以促进肠道粘膜的生长和修复及其功能恢复。肠道细菌还能通过维持消化道的pH水平，使得一些病原菌难以在此扎根和生长，进而维持宿主的免疫健康，包括那些可以导致食物中毒的沙门氏菌、导致腹泻的志贺氏菌以及可导致肠道疾病和慢性肾衰竭的大肠杆菌。健康的肠道菌群也能产生挥发性脂肪酸，连同其它代谢产物一起，使得真菌和酵母难以生存。最后，好的肠道细菌也能帮助我们保持规律的排便习惯。肠道转运时间越短，粪便中的毒素被再吸收进入血液的机会就越少。
肠道细菌帮助改善心理健康
如果你不相信我们的肠道和我们的情绪之间存在着关连，那么尝试描述一下你最近一次紧张、害怕或生气时的感觉是怎样的。如果您一紧张、一害怕、一生气就感到肚子疼，那么就很好的证明了肠道和情绪的关连。中国俗语里通常有“气得肚子疼”来形容十分生气，用“肠子都悔青了”来形容十分后悔；在英文里也有“butterflies in the stomach”来形容紧张和害怕，这些都说明一些本该由大脑来做的事情在某种程度上由肚子取而代之了。
其实，在我们的消化道粘膜下也有非常复杂的神经网络结构，因此肠道也被称为我们的“第二大脑”或“肠脑”。肠道神经系统能够控制和调节我们的肠道，感知环境中的威胁因素。它通过迷走神经向大脑传递信息。迷走神经将身体的许多器官与大脑相连，但是90%的信号传递都是从大肠向大脑。
肠道与大脑之间信息交流和沟通的系统，我们称之为“肠脑轴”。其实很早以前人们就知道了“肠脑轴”的存在，但是却只是关注大脑对于肠道的影响，也就是“自上而下”的控制。某些制药公司也迅速意识到，超过50%的肠易激综合征患者也通常伴随有情绪障碍。这也是为什么抗抑郁药也是治疗肠易激综合征的常见药物的原因。肠道和大脑之间居然存在神经连接，抗抑郁药能够治疗大脑功能障碍，也能改善肠道问题，对于大多数人来说这似乎很稀奇。但是令我感到更加奇怪的是，主流医学从未考虑过直接通过改善肠道问题来改善情绪障碍。肠道与大脑之间是双向交流的，如果我们改变一个区域，其它区域也将发生变化。
现在，越来越多的研究表明，通过某些特定类型的益生菌调节肠道也能“自下而上”的改善我们的情绪障碍。换言之，我们可能可以通过修复肠道细菌来有效的治疗抑郁、焦虑和其它行为问题。某些益生菌可在动物模型中表现出抗焦虑的特性，对人类志愿者也能产生有益的心理影响。也有许多研究表明，口服益生菌可以降低应激激素皮质醇的水平，显著降低抑郁、焦虑、愤怒/敌意、强迫、恐惧和偏执等行为症状以及改善睡眠等等。
抑郁、焦虑和睡眠障碍只是众多与肠道问题密切相关的常见问题中的一小部分。究竟是先有肠道功能障碍，还是先有精神疾病，目前还很难判断。但是基于过去几十年来的研究趋势，我不禁认为肠道菌群失衡是我们现在经历的许多心理问题的根本原因。也有研究发现将抑郁症患者的肠道菌群转移到无菌小鼠后可以导致小鼠的抑郁样行为，这也证实了这一点。
肠道细菌帮助提升能量水平
当你的身体能够有效的吸收营养和排出毒素的时候，理所当然的你会觉得身体的能量水平整体提升。这也是有科学数据支持的，因为益生菌可以有效地对抗疲劳，特别是慢性疲劳。
对运动疲劳和运动能力下降的8名运动员的血液和唾液样本进行了分析，都表现出干扰素的分泌减少，且大多数被发现感染了EB病毒（大多数成年人都是这种病毒的携带者）。给这些运动员口服嗜酸乳杆菌一个月，不仅干扰素的水平恢复到健康人的水平，唾液中也表现出EB病毒的脱落。同时，疲劳消失，运动能力也得到显著提升。
恢复菌群到最佳水平可以对我们的整体能量水平和健康产生深远的影响。EB病毒与慢性疲劳综合征有关，研究发现在健康个体中干扰素可以抑制这种病毒。定期服用好的益生菌是一种最简单的提高干扰素水平的方法。这往往也成为一种解决慢性疲劳问题的非常行之有效的工具。
肠道细菌帮助改善胆固醇水平
肝脏合成的大部分胆固醇被转化为胆汁酸，存储在胆囊中，用于帮助消化脂肪。最终，胆汁酸在结肠中要么被分解，要么被排泄出去。
如果一个人不吃足够的膳食纤维，会破坏肠道细菌，肠道中的病原微生物会较多。这可能导致肝脏中胆固醇向胆汁酸的转化减少，血液中胆固醇开始积累导致胆固醇水平上升。同时，到达结肠的胆固醇也减少，因此，胆固醇随肠道运动而排出也减少。这非常危险，因为这是身体清除体内多余的胆固醇的主要方法。高纤维饮食可有效地支持肠道好细菌的生长，促进胆固醇的分解和排出。
肠道细菌帮助调节激素水平
正常情况下，血液循环中60%的雌激素会进入肝脏，被肝脏灭活，然后进入胆囊，并随胆汁一起释放到肠道并被排出去。在胃肠道中，好细菌产生的一种酶能够使雌激素重新激活，然后被身体重新吸收。当肠道菌群失衡，雌激素既不能被重新激活，也不能被重新吸收，因此随粪便排出，导致雌激素水平降低。雌激素水平低与骨质疏松、经前期综合征、保水性、乳房肿痛、严重痛经和出血量过多、月经周期减缓、偏头痛等有关，这些都是女性极其想要避免出现的问题。许多其它激素以及叶酸、维生素B12、胆汁酸、胆固醇和维生素D也有着类似的过程。
肠道细菌帮助降低酵母感染的发生
除了存在于肠道中，有益菌也存在于阴道和尿道，在那里它们可以阻止致病菌和酵母的生长。它们是尿路感染和急性膀胱炎的主要防御系统。大约有60%的女性一生中会经历尿路感染或急性膀胱炎，这些中的30%可能多次感染。
我们知道，有益细菌是从结肠迁移到阴道。虽然阴道中生活着多种细菌，但乳酸菌是最占优势的。跟在肠道中一样，乳酸菌产生的乳酸有助于保持阴道和尿道的弱酸性，可以降低酵母和有害菌的生长，包括大肠杆菌，这是导致尿路感染的主要细菌之一。如果从这个角度来看女性的泌尿生殖道健康，我们就很容易理解为什么有的女性的尿路感染的复发问题。如果由于某些原因导致菌群失衡，病原菌就很容易吸附到膀胱壁而导致感染。
虽然抗生素能够有效地清除尿路感染的症状，但是它们也会杀死那些保护我们尿道免受感染的友好细菌，这将为持续的循环感染创造条件。打破这种循环感染的最有效的方法不是补充额外的药物，而是可以通过吃一些发酵食品和/或补充一些富含乳酸菌的益生菌补充剂来重建健康的菌群。一旦菌群恢复健康，随后的感染也可能越来越少。
肠道细菌帮助维持健康的体重
越来越多的研究表明我们的体重和健康的肠道菌群之间直接相关，但是这一点也不稀奇。其实，在养殖业中早就知道并利用了这种联系。
在养殖业中，抗生素又被称为生长促进剂，因为它能够杀死那些影响我们分解和吸收营养、帮助我们保持苗条和健康的肠道微生物。早在半个多世纪以前，抗生素就作为生长促进剂用于养牛、养猪和养鸡。通过使用抗生素，动物只需要较少的食物，就可以获得更快的体重增长。人体内也是一样，研究人员在1991年到1992年之间评估了英国某地区的11532名儿童的抗生素使用情况。大约30%的婴儿在出生的前六个月内使用过抗生素。到38月龄时，抗生素组的儿童有更多超重的可能性。在生长发育的关键时期，比如幼儿期使用抗生素会对儿童的健康产生持久的影响。
此外，肠道中的好细菌产生的短链脂肪酸——丁酸也能够促进我们产生饱腹感，帮助阻止我们吃得更多。另外，日本的一项研究对87名超重的个体补充含有加氏乳杆菌的发酵牛奶，每次两次，每次100毫升。12周后，这些个体体重平均降低2.2磅，而对照组没有变化。另外，这些参与者减掉4.6%的内脏脂肪和3.3%的皮下脂肪，臀围减少约1.7厘米，腰围下降约1.5厘米。研究人员认为加氏乳杆菌在某种程度上减少了肠道吸收脂肪的数量。
肠道细菌帮助改善口腔健康
口腔，包括嘴巴、喉咙甚至可以延伸到鼻子、鼻窦和外耳道中的有益菌群的主要作用是帮助我们的免疫系统，因为通常我们第一次接触到病毒和细菌就是通过嘴巴和鼻子。
在我们的口腔中已经鉴定出超过600种细菌，它们中的大部分可能对我们的健康发挥着很小的作用，但是那些占优势的有益细菌的数量越多与口腔异味、龋齿、耳部感染、脓毒性咽喉炎和扁桃体炎的发病率降低直接相关。
增加口腔中好细菌的有效方式可以通过使用益生菌含片，尤其是唾液链球菌。研究表明，唾液链球菌可以帮助恢复口腔和喉咙中的天然菌群。这些细菌能够产生细菌素样的抑菌物质，充当天然的抑菌剂，帮助控制那些可能导致感染的有害入侵微生物的生长。
肠道细菌帮助延年益寿
我们的肠道菌群多样性越高，我们往往也会更加健康。四川农业大学和美国阿肯色州大学的研究人员发表的一项研究揭示了肠道微生物在帮助我们生存、延迟或完全摆脱慢性病中所起的作用。肠道菌群多样性的增加和肠道有益菌数量的增加已经成为健康老龄化的指标。
另一项研究中，研究人员观察了178位65岁以上的老年人（平均年龄78岁，均没有接受抗生素治疗）的肠道菌群，发现他们的肠道菌群与个体的生活环境和整体健康状况密切相关。社区生活的老人拥有最多样性的肠道菌群，也是最健康的；而接受长期护理生活的老年人肠道菌群多样性显著降低，失去这种肠道菌群多样性也增加了老年人身体的脆弱性。研究团队认为，这种差异可能是由于饮食的差异导致的。进入长期护理生活的人们由于饮食变得更为一致性，肠道菌群的多样性会逐渐降低，而个体的健康状况也会逐渐下降。
肠道菌群的正常运作是人体健康长寿的助推力，饮食的多样化有利于保持肠道菌群的多样性和身体健康。
