人的五脏六腑在身体里有特定的位置，中医把五脏六腑划分在三个不同的“房间”里，也就是上中下“三焦”，上焦的脏腑主要是心肺，中焦的脏腑主要是脾胃，下焦的脏腑主要是肝肾。
如果把身体比成一个工厂，上焦这个房间是蒸发室，心是发动机，肺是蒸汽机，心肺协同作用宣发水谷精微，推动气血在身体内周流不息，输布养料，下接受来自中焦的水谷精微，经肺气宣布，若雾露般弥漫灌溉脏腑，充养全身。《灵枢•决气篇》说：“上焦开发，宣五谷味，熏肤、充身、泽毛，若雾露之溉，是谓气中焦是燃料转化室，脾胃在这里收纳水谷，搅拌加工，消化发酵，使食物变成身体所需要的养料和燃料，所以称“中焦如沤”，腐熟水谷精微，像发酵一样，泡沫浮游。下焦则是废料排出室，主管着消除毒物，排出废物。所以下焦如渎，像水沟一样，使水谷之油气排除体外。二个房间各司其职，让人体的动力核心有序工作，绝不怠慢。如果哪一个房间出了差错，身体恐怕就要部分罢工了。
清代著名医家吴鞠通对三焦理论进行了深入的研究，他发现三焦互相影响，三焦病则有传变的现象，并在《温病条辨》中提出了：“治上焦如羽，非轻不举；治中焦如衡，非降不安；治下焦如权，非重不沉。”意为治疗一些上焦或是轻浅的疾病，则需要轻清的药物轻量与之。治中焦如衡，非平不安。本人的理解是治疗中焦脾胃的疾病，应该参用平衡之法。所谓的下焦病，小可理解为腰腹足胫膝股的疾病，大可扩至六淫内伤引起人身阳气阴气根本的动摇，所以当此之时，非用重剂，不然大病重疾，何能遽痊。这为中医治疗瘟疫，也就是我们现在的大部分传染病提供了很好的理论基础。在几次传染病大流行期间，我们根据吴鞠通的三焦理论，运用中医的治疗方法，都取得了出人意料的效果，有人说神奇，其实不神奇，只不过是把中医辨证论治的理论运用正确罢了。
