自古以来，中医学术与气功学术就有着本质的内在联系，因为它们的古典哲学基础是一致的，即其世界观和方法论的基础一致。二者的应用目的也有相通之处，气功锻炼的养生和治疗效果，自古以来也一直为中医所采用。
气功疗法是通过气功锻炼来达到治疗某些疾病的目的，根据统计可知，气功疗法可以治疗高血压病、心血管系统疾病、胃溃疡、神经官能症等慢性疾患和老年性疾病。因此气功疗法是应当提倡的，它受到我国广大人民的重视。对其机理我国正在进行深入地研究。
传统中医药学将气功作为一种疗法的历史，可以追溯到中医药学产生之初的远古年代。在古典气功学术体系中，以中医药学理论作为指导的气功学术流派即医家气功，现代的中医气功学就是在继承医家气功学术的基础上。随着时代的发展，融入现代科学理论与技术而推陈出新的中医药学学科，其学科性质与针灸学、推拿学相当，属于临床应用学科。
在中医学史上，历朝历代卓有成就的大医家几乎都精通气功学术，如春秋战国时期的扁鹊，汉代的华佗、张仲景，隋代的巢元方，唐代的孙思邈、王焘，金元四大家刘完素、张子和、李东垣、朱丹溪，明代的李时珍、杨继周，清代的叶天士、吴鞠通，民国时期的张锡纯等。
这些医家几乎都对中医学术做出过开拓性的贡献，都是中医学史上不可或缺的杰出人物，是他们所处时代中医学术的栋梁与精英。这些医家的著作中都有关于气功的论述，或阐明理论，或记载临床应用，观点明确，应用纯熟。其中的一些著作在气功学术史上，也占有重要地位，例如巢元方的《诸病源候论》，李时珍的《奇经八脉考》。历代大医家们对气功学术的重视与研究，足以表明中医与气功在学术高层次上本质的、必然的联系与沟通，具有深刻的意义和广泛的影响。
中医古籍中，包含有众多的气功学术文献。《黄帝内经》中明确提到导引、行气等气功理论及治疗的就有8篇，其论述精当，有重要的指导意义。例如《素问•上古天真论》说：“余闻上古有真人者，提挈天地，把握阴阳，呼吸精气，独立守神，肌肉若一，故能寿蔽天地，无有终时，此其道生。”这短短42字就高度概括了古典气功的基本理论和方法，从中可以看出现代气功三调合一观念的雏形。
从研究气功学术的角度来看，在浩如烟海的中医古籍中搜寻，可以发现，记载和论述气功疗法内容作多的是隋代巢元方的《诸病源候论》、唐代孙思邈的《千金要方》、宋代由政府主持编纂《圣济总录》、清代沈金鳌的《杂病源流犀烛》。这些著作在理论、操作、应用诸方面对气功疗法均有建树，可以说是中医气功学术的主体和主要源泉。这四部古典医籍中，特别值得一提的是《诸病源候论》，这部由隋代太医令巢元方所著的，讨论疾病分类的著作，也是一部医学气功的专著，因为其中对各类疾病的治疗，只用气功疗法，而未提及任何方药。
当代中医界重视气功的医家和学者也大有人在。早在上世纪60年代，秦伯未、任应秋等著名中医学家上书卫生部提出中医教学改革计划时，即提出要及早开设气功课。80年代以后，已有10余所高等中医院校开设了气功课程，北京中医药大学和上海中医药大学还设立了气功研究所。气功进入中医药高等教育体系和建立科研院所为中医气功学的学科建设和发展奠定了切实的基础。
与气功学术的总体相比较，中医气功学有其自身的一些特征。例如，在指导思想上以中医理论为基础，但因气功现代研究的需要，也兼顾西医理论和现代科学理论。又如作为一种疗法，其目的是明确和限定的，即养生与治疗，而古典气功修炼的目的不仅于此。另应注意养生与治疗既有联系又有区别，前者通常是指健康人的保健、抗衰老，后者是指对于疾病患者的治疗。现代的中医气功学比较侧重于治疗，这与古代各家的气功修炼也有所不同。此外，中医气功学在功法的选择上博采众家、不拘一格，除古代的医家功法之外，凡能够发挥养生和治疗目的气功功法，无论其起源于佛家、道家、儒家或其他各家，均予选用。
天下奇医认为，中医气功学是一门研究中医药学领域内气功学术的历史发展、基础理论、操作技能及临床应用的学科，是经历了历史考验和医学实验的一门学科，也是中国独有的一门医学绝技。
