一提起细菌，大多数人就想到细菌会让人生病。但是你有没有注意到一个现象，如今越来越多的小孩子有过敏的症状，而且很多小孩子还会得哮喘病。
为什么卫生条件越来越好，小孩子却更容易过敏了呢？科学研究里有一个理论，叫“卫生的假设”，这个假设给出的理由是，过去几十年里，卫生条件有了很大的改善，小朋友接触细菌的机会少了，反而更容易受到各种微生物的影响。为什么会这样呢？
首先，我们要知道，致病的细菌，或者说病原体，其实是极少数，绝大多数生活在人体内的细菌，都能与人和平相处。也就是说，人和细菌其实是一种共生的关系。细菌从人的食物中获得养分，同时细菌的存在和细菌产出的化学物质，对人体的成长也有很大的帮助。
例如，如今人们很推崇母乳喂养，一说起原因，大多数人都觉得是因为母乳有更多的养分，母乳喂养的孩子免疫力发育好，母乳喂养的孩子聪明。这些解释都对。但是如果认为，婴儿直接吸收母乳的养分，从而变得更健康，更聪明，就错了。因为这样的解释忽略了细菌的作用。
很多研究者都很困惑，因为母乳只不过是脂肪和糖分的混合，为什么哺乳动物要花那么多精力去分泌乳汁呢？
后来研究发现，母乳中有200多种叫做HMO的多糖，这是一些相对复杂的糖分。母乳和牛奶对比，HMO种类要丰富得多，是牛奶的4倍，数量更要多出几百倍。研究者觉得一定是这些HMO为胎儿提供了重要养分。但结果却是，婴儿根本没办法吸收HMO。母乳中的HMO其实是为了去喂养婴儿肠胃中的细菌。这种细菌食用HMO之后，会产出的一种化学物质，这种化学物质有助于婴儿的小肠壁细胞膜的发育，能帮助婴儿的小肠更好地成长。结果就是，母乳喂养的婴儿消化能力更强，拉肚子和患其他疾病的机会少了很多。也就是说，母乳喂养的是婴儿体内的细菌，而细菌又能生产出化学物质，促进婴儿的成长发育。这就是一组良好的共生关系。
出于这种共生关系，人体内的菌群平衡变得非常重要。
下面我们就从生态平衡的角度来解释一下某些疾病的原因。
我们都知道，自然界的生态失衡会导致环境的破坏。同样的道理，人体内的菌群失衡也会导致疾病。很多疾病都是单个的细菌或者病毒造成的，这种单个入侵虽然不一定好治疗，但我们至少知道从哪下手解决问题。但是大多数疾病都是体内整个菌群发生了变化，问题就变得复杂了。像这种人体整个菌群变成诱发疾病的状态，学术上叫做“生态失调”或者“菌群失调”。比如肠胃炎就是一系列内部外部因素共同作用的结果，有基因的原因，有感染病毒的因素，有人体内部免疫系统失调的因素，也有外部环境污染的原因，最终所有的因素加在一起，导致整个肠胃的菌群变成生病状态，引发炎症。
人体内菌群多样化的减少，不仅可能引发菌群失调的风险，也让导致疾病的细菌容易侵入人体。生物学里有一个名词，叫做“殖民抵抗”，讲的就是如果一个生命体拥有多元化茁壮成长的菌群，就不太会给导致疾病的细菌留下多少空间，所以，菌群存在的本身就构成了对导致疾病的细菌的抵抗。但是，如果菌群种类减少，就可能留下大量空间，让危险的微生物不仅可能入侵成功，还可以拥有更多的食物，不断成长壮大，填补共生菌群在生态圈中的位置。
比如说，自然分娩和母乳喂养之所以有好处，就是因为自然分娩，孩子经过母亲的产道，就能带上母亲体内的细菌。同样，母乳喂养，除了前面提到的吸收大肠菌群喜欢的HMO之外，孩子也在接触母亲体内的细菌。孩子最早接触什么样的细菌，是否可能接触更多样化的细菌，对他身体内部菌群的发育是非常有用的。
