过敏性是比较常见的困扰，一般分为皮肤过敏、鼻子过敏、药物过敏、气管过敏等。临床上较常见的是异位性皮炎、荨麻疹、过敏性鼻炎、过敏性哮喘等。过敏原即致敏物质，它经由食物、空气或皮肤进入人体，通过肠胃、呼吸系统与负责过敏反应的细胞产生反应，释放出免疫物质，使过敏性疾病发作----这其实也是一种免疫系统反应过度的表现。其中遗传过敏性皮炎是最普遍的皮肤疾病之一，特别是婴儿及儿童。而食物过敏占4岁儿童的6％一8％，占成人的4％。过敏性哮喘则是儿童最常见的慢性病。
益生菌通过调节肠道生态系统影响宿主的免疫系统，从而对过敏性疾病的预防和治疗产生有益的效应。益生菌已被证实有与细胞因子表达相关的抗炎作用，该类细胞因子可促进TH1细胞的免疫反应，抑制TH2细胞免疫反应的发展和过敏(IGE)抗体产生；益生菌也可以通过加强肠道黏膜的屏障功能参与蛋白质抗原的降解，以与病原菌竞争的方式促进早期免疫系统向非抗原方向成熟，从而缓解过敏性疾病相关症状。
许多医学研究结果显示：过敏的人群肠道内的好菌比较少，菌群存在比例失调的情况，经常补充优质益生菌对过敏体质的改善有着积极的作用。另外研究显示孕妇在怀孕时经常补充益生菌，生下的婴儿不但肠道菌群比较全和平衡，而且过敏发生的概率较小。因此，平衡健全的肠道菌群对免疫系统的健全和平衡发展同样起着重要的作用。
