口腔根管系统的结构非常复杂，除根管外还存在许多细小的根管和网状根管。机械预备只是针对主根管，35%以上的根管表面未涉及，这些部位的感染依旧存在。根管机械预备后，会在根管壁表面形成粘泥的一层物质，其中包含切削下来的牙本质碎屑、细菌及陈新代谢产物、以及牙髓组织残片。这是玷污层。微生物很容易从玷污层的有机物残留物中获取营养，从而形成二次感染。
细菌生物膜，在感染的根管中。细菌除以悬浮方式存在于根管空腔内，更主要的毒性状态是与细胞外多糖基质聚合而粘附于根管壁形成细菌生物膜，在这种微生态环节中，协同共生的各种细菌可以充分发挥其制毒性，甚至产生抗药性。在细菌生物膜的下方牙本质小管也被细菌感染。这个时候可以选择根管冲洗液，能否灭活细菌生物膜是重要的一个指标。
其实口腔行业当中，大部分都在使用生理盐水、双阳水、次氯酸钠、EDTA又叫乙二酸四乙胺、甲硝唑和替硝唑、葡萄糖氯已定、MTAD、柠檬酸、氯亚明。这几种冲洗液的使用。
口腔根管冲洗液主要成分是二氧化氯，有广谱性、高效、PH适用范围广、安全性、无刺激性、无抗药性、漂白作用、除臭、防腐等功能。作用机理主要是氧化作用。二氧化氯分子的电子结构呈不饱和状态，外层共有19个电子，具有强烈的氧化作用力。主要是对富有电子（或供电子）的原子基团（如含琉基酶和硫化物。氯化物）进行攻击，强行掠夺电子。成为失去活性和改变性质的物质，从而达到目的。山东巨野县独山镇刘昌同大夫是最好的证明。
