益生菌是存活的细菌和酵母，适量食用时对健康有益处。益生菌可以作为补充剂或者日常饮食的一部分，益生菌对健康的益处已得到充分证实，包括降低感染风险，改善消化能力，甚至减少某些慢性疾病的风险。除了这些健康益处之外，服用益生菌也有一些副作用，其中大部分只影响一小部分人群。但是，一些患有严重疾病或免疫系统受损的人可能会遇到严重一些的并发症。
一、可能会导致不良的消化症状
有些人开始服用益生菌时会出现胀气，腹胀，便秘或口渴。为了减轻副作用发作的可能性，可以从低剂量的益生菌开始食用，并在数周内缓慢增加到全剂量。 这样可以帮助身体适应他们。
二、益生菌食品中的胺可能引发头痛
富含益生菌的发酵食品天然含有胺，有些人吃了这些食物后可能会引起头痛，出现这种情况应该选择益生菌补充剂而不是直接食用含益生菌食物。
三、一些菌株会增加组胺水平
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一些益生菌可以在消化道内产生组胺，那些组胺不耐受的人需要在日常饮食中注意避免食用这些细菌菌株，防止身体产生不适。
四、一些成分可能会导致不良反应
益生菌补充剂可能包含过敏原，乳糖或益生元纤维有一定机率会导致一些人的不良反应。所以购买益生菌的时候要仔细阅读标签，注意避免这些成分。
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五、可能会增加一些感染风险
益生菌对绝大多数人来说是安全的，但并不是适合每个人。那些免疫系统、静脉导管受损，近期手术过，以及急性胰腺炎或长期住院的患者应避免服用益生菌。
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