甲型肝炎传染源主要是患者和隐性感染者，患者潜伏末期和急性期的粪便有传染性。甲肝病毒血症时间短暂，所以经过输血和注射传播可能性极小，甲肝潜伏期平均30天，发病急，多出现发热、肝肿大、疼痛症状，黄疸多见并伴有转氨酶升高，发病后2-3周随着甲肝抗体出现，粪便中不再排出病毒。
甲肝主要侵犯儿童、青年，甲肝病毒经过口侵入人体后首先在口咽部及唾液腺中增值，然后在小肠淋巴结中增值，继而入血，形成病毒血症，在到达肝脏，在肝细胞内增值致病，但是甲肝病毒在细胞内增值缓慢，并不直接造成明显的肝细胞损害。有研究证明，黄疸出现时，患者血中和粪便中的甲肝病毒却明显减少，并有抗体出现，所以致病机制除了病毒的直接作用外，机体的免疫应答也参与了肝脏损害。
乙型肝炎主要传染源是患者和无症状的病毒携带者，潜伏期为45-160天，有母婴传播、血液传播、和接触传播。由于人体中免疫应答的差异，乙型肝炎的临床表现也是不尽相同，可有无症状乙肝病毒携带者导致急性乙肝、慢性乙肝、重症肝炎等。病毒持续6个月未被清除为乙肝慢性感染。年龄是影响慢性化的主要因素，在婴幼儿时期感染的患儿中，25%会发展为慢性感染，在青少年和成人中只有5%-10%发展为慢性。
因为乙型肝炎对于肝细胞的损害多样除了直接引起肝细胞损害外还有各种免疫应答湖引起的损伤，所以乙型肝炎在临床上是比较难治愈的。而且乙型肝炎患者比正常人患原发性肝癌的几率高出217倍，所以乙肝患者更容易出现肝癌的发生。
